Анализиране на невроизображения с Linux. Lin4Neuro е чудесен начин да започнете

Много потребители на Linux са обсебени от постигнете лидерство на бюрото. За тях не става въпрос за разпространение на свободен софтуер и неговите 4 свободи, а да победи Microsoft. Фактът, че пазарът на персонални компютри е достигнал своя връх и че действията на Google и Apple върху мобилните телефони са много по-опасни от тези на Microsoft в най-добрите им (най-лошите) дни, изглежда не им пука.

Нито са в състояние да се насладят лидерство, постигнато в конкретни ниши като облака, уеб сървърите или суперкомпютри. Предпочитат да губят време в стерилни дискусии с феновете на Photoshop или Excel.

Ето защо моята резолюция за Нова година е направете известни безплатни софтуерни инструменти, които могат да се използват с голям успех в сектори, в които повечето от нас, които пишат по темата, обикновено не забелязват.

В този пост ще говорим за lin4neuroРазпределение, което трябва да се обмисли от тези, които се интересуват от изображения на човешкия мозък.

Несъмнено, като се вземат предвид разходите на правителствата и частните граждани за здраве, всякакви спестявания в разходите за лицензи без загуба в качеството на грижите е достойна цел за постигане. Това е сектор, в който безплатният софтуер с отворен код има какво да даде.

Анализиране на невроизображения с Linux. Чудесна отправна точка за студенти и професионалисти

Това е производна версия на Ubuntu, направена от професор от японския университет в Цукуба. Той се основава на Ubuntu 16.04 и изглежда не се актуализира от 2017 г. Въпреки това все още представлява добра отправна точка за специалистите по невровизуализация запознайте се с приложенията с отворен код и накарайте учениците да извършват практическа работа.

Анализираните изображения може да се споделя лесно.

В списъка с програми включвам връзките към съответните им страници, когато е възможно.

Моля, обърнете внимание, че не съм лекар. Въпреки че с помощта на Google се опитах да направя преводите възможно най-правилни, може да съм се объркал. Вече оценявам всяка корекция.

Сред приложенията, включени в дистрибуцията, можем да споменем:

3D слайсър: Това приложение Той включва алгоритми за анализ на изображения, получени чрез функционално магнитно резонансно изображение и чрез дифузионен тензор. Те могат да се използват и за терапия с насочено изображение.

AFNI:  Програма за обработка и анализ на данни, получени от изображения с магнитен резонанс.

UCL Way Diffusion MRI Toolki: Отивам да сложа описанието на английски, за да не прецакам. За дифузионна MRI обработка. Тълкувам, че е за анализ на дифузен магнитен резонанс. Ако в стаята има специалист по изображения, който може да ни изясни проблема, по-долу е формулярът за коментар. Връзка

Карет: Това приложение  позволява на потребителя да създава, преглежда и манипулира реконструкции на повърхности на мозъка и мозъчната кора.

Анализатор на Connectome: Анализ на връзките между ресурси от всеки източник (DSI, DTI, QBall, rs-fMRI и др.) В различни мащаби (глобални, подмрежи и локални).

Преглед на Connectome: свързва мултимодални и мултимащабни невроизображения и мрежови набори от данни за анализ и визуализация в Python.

FSL: Анализ на изображенията и статистически инструменти за данни за fMRI, MRI и DTI изображения на мозъка. Връзка

Гинко CADx: Това приложение е преглед на снимки запазени под стандарта DICOM.

ITK-Snap: Програма за сегментиране на структури в 3D медицински изображения. Връзка

Набор от инструменти на Minc: Прилагане за обработка на MINC файлове

MITK: Инструменти за разработване на интерактивен софтуер за медицинска обработка на изображения.

MITK дифузия: Програмата  включва селекция от алгоритми за анализ на изображения за дифузионно претеглено магнитно резонансно изображение.

MRIC Конвертиране: Es полезност конвертор на медицински файлове с изображения, който преобразува DICOM файлове в NIfTI 1.1, Analyse 7.5, SPM99 / Analyze, BrainVoyager и MetaImage формати за обем.

MRIcron: Е инструмент визуализация и анализ на изображения, получени чрез магнитен резонанс (функционален).

mrtrix: Е комплект на инструменти за извършване на трактография на бяло вещество върху дифузионно претеглено магнитно резонансно изображение по здрав начин за кръстосване на влакна, като се използва ограничена сферична деконволюция (CSD) и вероятностни потоци.

Виртуален ЯМР: Произвежда реалистична симулация на ЯМР скенер.